近年來，傳統(tǒng)的基于結(jié)構(gòu)(structure-based)的設(shè)計方法已經(jīng)逐漸達到其極限，使得用于藥物研究和發(fā)現(xiàn)的資本開支呈指數(shù)級增長。因而，對于藥物設(shè)計領(lǐng)域來說，基于運動( motion-based)的藥物設(shè)計方案，即分子動力學(xué)模擬，堪稱業(yè)界最激動人心也最具創(chuàng)新性的進步之一。而分子動力學(xué)模擬的實現(xiàn)，則對算力有極高的要求。
在過去，只有大型超級計算機才有能力為分子動力學(xué)計算提供足夠的算力。但是致力于提供“專用超算”解決方案的雪湖科技，希望打破這個瓶頸，開發(fā)出一種比傳統(tǒng)超級計算機性能更高而且成本更低、能效更高的解決方案。
基于FPGA的分子動力學(xué)專用引擎
如上所述，為了促進醫(yī)學(xué)的發(fā)展，藥物研發(fā)已進步到分子層面。在這個層面上，科學(xué)家能夠更加深入地理解分子和生物過程的作用，解開它們運動的奧秘。
雪湖科技生命科學(xué)計算首席科學(xué)家盛楠博士表示：“就像破案時‘看監(jiān)控錄像’遠比‘看現(xiàn)場照片’要容易捕捉作案細節(jié)一樣，分子動力學(xué)模擬讓藥物設(shè)計人員更直接的‘看到’藥物分子的整個生效過程，從而大幅提高新藥研發(fā)的成功率”
成立于2017年的上海雪湖科技公司，是一家致力于高性能計算產(chǎn)品研發(fā)與解決方案的創(chuàng)新企業(yè)。該公司主要為生命科學(xué)、石油天然氣勘探、自動駕駛、分布式存儲和其他相關(guān)領(lǐng)域提供創(chuàng)新型專用高性能計算解決方案和產(chǎn)品。
雪湖科技設(shè)計并研發(fā)的“Yaddle MD”是一個基于FPGA的分子動力學(xué)專用引擎。這是一種在賽靈思 Alveo? 加速卡上實現(xiàn)的分子動力學(xué)計算專用解決方案， 其借助賽靈思運行時庫 (XRT) 通過分子動力學(xué)專用API為常用的分子動力學(xué)軟件和其他分析插件提供兼容性支持。
圖 1 – 藥物研究與發(fā)現(xiàn)過程中使用的分子動力學(xué)計算
從性能上看，雪湖科技Yaddle MD FPGA分子動力學(xué)專用引擎運行在Alveo加速器卡上，比僅用CPU的分子動力學(xué)軟件方案高近50倍，比使用GPU加速的分子動力學(xué)軟件方案高兩倍，如圖 2所示。與此同時，F(xiàn)PGA 的功耗僅為CPU的2/3， GPU 的2/9，為此使得Yaddle MD每度電可以提供的模擬量是CPU的近100倍，GPU的近10倍。
圖 2 –雪湖科技Yaddle MD FPGA分子動力學(xué)專用引擎與競爭解決方案相比，性能更高且能耗更低
自適應(yīng)Alveo 加速器卡的價值
由于復(fù)雜算法演進的速度已經(jīng)遠遠超越了芯片的設(shè)計周期，因此功能固定的 GPU和ASIC 器件無法跟上發(fā)展節(jié)奏?；谫愳`思16nm UltraScale?架構(gòu)而構(gòu)建的賽靈思 Alveo 加速器卡，專為滿足瞬息萬變的現(xiàn)代數(shù)據(jù)中心需求而設(shè)計，面向機器學(xué)習(xí)推斷、視頻轉(zhuǎn)碼、數(shù)據(jù)庫搜索和分析等常見工作負載，可提供比 CPU 高達 90 倍的性能。
Alveo U200 加速器卡
Alveo 加速器卡為打造Yaddle MD提供了獨特的可重配置加速功能，不僅能夠支持其靈活適應(yīng)算法的持續(xù)優(yōu)化，而且還能在支持任意類型工作負載的同時，降低總擁有成本。
Yaddle MD借助Alveo U200 加速器卡實現(xiàn)了超高性能的FPGA 分子動力學(xué)算法，能夠執(zhí)行非常復(fù)雜的計算?；趩螐?Alveo 卡，Yaddle MD就可實現(xiàn)比使用CPU 和 GPU 處理器更高的性能，提供此前只有超級計算機才能提供的強大算力，從而可以大幅加速生物分子的動力學(xué)模擬速度。
借助Yaddle MD ，助力用戶可以實現(xiàn)：
● 在單片F(xiàn)PGA 上實現(xiàn)完整的分子動力學(xué)計算，從而釋放大量CPU資源
● 實現(xiàn)原子間相互作用的分布式式流水線計算，顯著提高計算性能
● 編碼原子之間的鍵合信息，并在實時計算過程中對其進行解碼
● 通過工具集為常用的分子動力學(xué)軟件和其他分析工具(包括格式轉(zhuǎn)換)提供兼容性支持
盛楠博士表示：“高性能是確保分子動力學(xué)計算高效和精準的關(guān)鍵，雪湖科技基于Alveo 的高性能分子動力學(xué)專用引擎，不僅能為客戶節(jié)省大量時間成本，而且讓基于動力學(xué)的藥物設(shè)計由不可能變?yōu)榭赡堋薄?/FONT>
目前，雪湖科技的 Yaddle MD引擎已經(jīng)開始通過阿里云提供MD加速服務(wù)，其基于 Alveo 卡的加速方案也正在小規(guī)模對外開發(fā)測試中。與此同時，雪湖科科技的創(chuàng)新步伐還在繼續(xù)，其計劃未來將通過多個Alveo設(shè)備結(jié)合的形式繼續(xù)擴展仿真能力，進一步為分子動力學(xué)計算應(yīng)用提速并擴大吞吐量。
（轉(zhuǎn)載）
